Bij de Verenigde Scholen J.A. Alberdingk Thijm is de wettelijk verplichte medezeggenschap geregeld in een Institutionele Medezeggenschapsraad (IMR); hierin wordt personeelsleden, ouders en leerlingen een advies- dan wel instemmingsrecht  gegeven aangaande instituutsbrede zaken van het KLG.

Het Alberdingk Thijm kent een deelraad (DMR) waar­in de vestigingsspecifieke zaken, zoals het beleid van de school, de onderwijskundige visie en onderwijskundige keuzes van de school worden besproken.

De MR van het Alberdingk Thijm College bestaat uit twee leerlingen, drie ouders en vijf personeelsleden van de school.